1、土壤有机质含量低。一方面，减少施用农业肥料，秸秆不还田，不种植绿肥，不能有效补充土壤的有机质。 另一方面，大量施用化肥增加了土壤消耗能力，降低了土壤有机质的含量，频繁的表土耕作造成了土壤超负荷。 土壤有机质的减少会导致土壤结构的破坏和土壤的硬化，土壤肥厚力的降低，土壤的物理，化学和生物特性的恶化，土壤的酸性化和次生盐类的碱化，土壤传染病的严重化，土壤净化能力的降低。
2、农田土壤污染。 适用化肥，农药，农膜残留污染，未处理的有机肥料污染，连作和病虫害燃料污染。 这些污染物一旦进入或残留在土壤中，一旦超过土壤本身的污染能力，就会“溢出”，从而间接构成农田土壤的污染。 大量的污染物进入土壤后，土壤的生态平衡被破坏，土壤中的不需要生物和不需要微生物被大量破坏，土壤生物群的数量减少，土壤活性降低，土壤功能恶化。
3、土壤酸化。 首先，由于生理性酸性肥料的过量使用，土壤酸性度有所增加。 第二，四季气温高，雨量丰富，土壤有机养分矿化速度快，养分离子溶出速度快，大量钙镁等离子体溶出后土壤酸过大。 土壤酸化加速了土壤肥力的降低，土壤中有害重金属不断活化，有害微生物特别是寄生菌增多，引起了严重的土壤传染病危害。
4、土壤硬化。耕作土壤有机质含量低，耕作方式和灌溉方式不合理，化肥施用量过多，土壤酸化，盐类蓄积严重，土壤团块结构严重破坏，土壤变硬，耕作困难。 土壤压实破坏了土壤中能量和物质的平衡，破坏了土壤中水，肥，气，热的平衡，最终影响了土壤与植物系统之间的物质转化和能量交换，引起了一些生理活动和生命代谢紊乱。
5、土壤盐碱化。 长期大规模施用化学肥料，使土壤盐分，特别是硝酸盐的蓄积。 随着土壤水分的蒸发，盐分积聚在土壤表面，影响土壤表面的次生碱化，土壤结构的恶化，土壤微生物群落的多样性和功能的破坏，影响根系的正常生长，养分吸收少，作物生长不良，甚至导致养分障碍或死亡。
6、土壤连作病。同种或同科的作物一直在同一地里耕种，由于根系分泌物和作物残留物基本相同，病原体在土壤中蓄积过多会对土壤产生病害，长年在同一土地上轮作。 经过多年的连作，作物对养分的需求减少了，但土壤中的一部分元素过剩，破坏了土壤养分的平衡。 另外，由于土壤有益微生物群的破坏，土壤对有害微生物的抑制作用减弱，有害微生物增加，有益微生物减少，生物特性恶化。
7、土壤营养不良。 生产中不测土配方施肥，有机肥施用量少，不按量施化肥，微量元素施用量少，导致土壤中氮，磷的过量，钙，硼，硅，镁，铁，锌，钼等微量元素缺乏，土壤中氮，磷，钾的不平衡，土壤中常数元素与中、微量元素不平衡。
