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土壤中添加蘑菇渣能改变土壤有机质含量、腐殖质含量，改善土壤结构，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤的肥力。在柑桔、苹果、梨、葡萄等水果园内将菌渣深施后掩埋，可起到改良果园土壤，提高水果品质的作用，而且肥效持久，经济实惠。同时也可作为蔬菜基肥。
1.利用蘑菇渣发酵后进行小白菜小区试验，结果表明，蘑菇渣制成的有机肥有助于改善小白菜生物学性状，小白菜的叶片、叶柄长度和叶片宽度等性状优于常规处理，且小白菜产量增产11.2％，叶绿素含量提高9.3％，可溶性糖含量提高3.9％，营养品质得到改善。
2.蘑菇渣作为栽培基质必须有适宜的理化性质，易分解的有机物大部分分解，施入土壤后不产生氮的生物固定，通过降解除去酚类有害物质，消灭病原菌、病虫卵和杂草种子。因此，必须对菇渣进行特定工艺的处理，方可作为栽培基质使用。通常采用好氧堆肥法，利用微生物菌剂发酵作用，即高温堆肥发酵，将菇渣与填充料按一定的比例混合，在合适的水分、通气条件下，使微生物繁殖并降解有机质，从而产生高温，杀死其中的病原菌及杂草种子，使有机物达到稳定状态。将辅料含发酵微生物、尿素、芝麻渣混合，加入清水搅拌均匀，用水泵向菇渣堆均匀喷洒，翻堆混合，直到含水量在50％左右，用手紧抓，指缝有水渗出，覆膜发酵。温度升高后，经常翻堆，使内外发酵均匀，保证温度在65以下。大概3个月时间，检查菇渣堆料颜色，发酵前堆料呈浅黄色，发酵后呈黑褐色，发酵前堆料有新鲜蘑菇味。也可用电导率ec来判断，一般发酵前ec较低，发酵过程中，逐渐增高。
3.所以通过以上论述总结，蘑菇渣做有机肥的害处是不存在的，只要合理利用蘑菇的特性，也是有许多好处的，对土壤的改善大大的有作用。
