有的动画片前奏一响就知道是经典，提起新世纪福音战士怎么吹都不为过。凌波丽和明日香是多少人的童年女神，葛城美里又是多少人的御姐启蒙。论热血它有各种机甲大战，论深度你根本看不懂，就算看不懂你还可以当做后宫番来看。因为新世纪福音战士采用了倒叙和插叙的手法来叙事，又加入了很多阴谋论，导致从主角团的视角看上去云里雾里。
今天我们从故事背景说起，让大家知道一个来龙去脉。再进入剧情，在很久很久以前，神创造了一颗生命之树，生命之树上诞生了两个生命体：亚当和莉莉丝以及两颗果实，生命之果和智慧之果。亚当和莉莉丝分别吃下了生命之果和智慧之果，成为了动画片中的第一和第二使徒，二者分别居住在白之月和黑之月中。
40至46亿年前，白之月撞上地球的南极，撞击之后亚当生下了第3到第17使徒，还留下了死海文书。这些拥有生命果实的使徒不用进食，也没有寿命限制，拥有一种强大的防御机制：AT力场。它们分散在世界各地，它们的使命是成长为成年体然后回归亚当，直至下一次生命的轮回。
40亿年前的一天，莉莉丝所处的黑之月撞击了古日本地区，这次撞击让正常生长的第三至第十七使徒长久性陷入了休眠期，撞击后溢出地球的碎片形成了月球。莉莉丝诞生了许多丽林，也就是人类。因为莉莉丝吃下的是智慧果实，人类的AT力场太弱，没办法维持使徒完整形态，可以把人看成是分散的细胞，所有人类合在一起就是第18使徒。
此次撞击被称为第一次冲击，人类开始繁衍生息。后来人类意外发现了死海文书，随着死海文书的破译，人类不仅知道了亚当和莉莉丝的诞生，还知道了亚当的后代使徒以及莉莉丝的后代丽林。它们最终的命运都将回归本体，长出新的生命之树进入下一个轮回。
联合国尽可能的封锁了这个消息，但是又想获得其中的奥秘为人类所用。在进一步调查中找到了南极与日本地下的两个巨大空洞，里面沉睡着亚当和莉莉丝。随着死海文书的小范围扩散，人类中的一部分极端分子成立了一个叫做Seele的组织，他们认为人类是有原罪的，应该回归到莉莉丝的母体，成为共同的超越肉体的存在。于是他们制定了本片的最大阴谋：人类补完计划。
为了让计划实行，这个组织渗透到了联合国。联合国为了阻止死海文书里的预言发生，成立了人工生物进化研究所，并派人前往南极调查。结果让亚当在实验中彻底苏醒，并以光之巨人的形态在南极上空暴走。展开的天使之翼释放出巨大的反力场，整个南极随之爆炸，冰块融化海平面上升，气候急剧变化引起了全球性的灾难，地球人口也失去了一半。
亚当的暴走被人类称为第二次冲击，这次冲击不仅让亚当觉醒，剩下的使徒也纷纷从休眠中苏醒。死海文书中预言使徒回归亚当会引起第三次冲击。联合国为避免第三次冲击，派出科学团队进入日本发现的地下空洞，在里面进一步研究莉莉丝的本体，并用莉莉丝的半个身体研发出了一种特殊的生命体EVA，简称初号机，又复制出了零号机。
表面上seele和联合国的目的一样，阻止使徒和亚当结合，背地却在秘密实施人类补完计划，完成死海文书的预言，迎接第三次冲击的到来，让人类回归莉莉丝之卵，回归生命最初的样子，完成生命的补完。为了不过多剧透，大致背景就点到为止，后续剧情我们再详细展开。
时间来到2015年，第三使徒出现，潘多拉的魔盒也就此打开。
