1、不要用热水服用由于益生菌是具有活性的，因此不要用热水冲服，最好是用40度以下的温水；这是因为，作为活菌，而且又是在人体内存活，益生菌的最佳生长温度和人类肠道正常温度相近，约为37℃。另外，人体发烧时的最高体温一般为40℃，所以，把益生菌制剂冲水时，水温不得超过40摄氏度。
2、不要和抗生素一起服用益生菌虽然是有益的菌，但毕竟也是一种细菌，所以在抗生素的眼里是“一视同仁”的，会和有害菌一起被抗生素消灭掉，因此不能跟抗生素一起服用。如有需要，应和益生菌至少间隔两小时再服用。
3、不要用酸奶、乳饮料来替代益生菌制剂单就酸奶本身来说，确实是很好的饮品，它含有维生素、酶，以及丰富的蛋白质和钙，但就补充益生菌而言，大部分酸奶中只含保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌，这类菌株并不是肠道内的常驻菌群，在肠道内停留时间最多为一周。
