1945年1月13日，此时的苏军已经直扑向德国东普鲁士地区，准备像德国境内发起进攻。而驻守在东普鲁士的德军是已经被打空了的中央集团军群，其兵力还不足苏军的一半。恐慌的情绪开始在东普鲁士弥漫开来，从前线撤下来的德国士兵不时会对身边的老百姓小声说到：快走吧！俄国人就要来了！显然，东普鲁士失守只是时间问题。
德国民众心里清楚几年前德军在苏联的所作所为，现在苏军反攻，是一定不会对德国人客气的。所以，东普鲁士的民众纷纷向西逃离。由于1月份的天气极为寒冷，走陆路撤离过于缓慢和辛苦，更多的难民倾向于走水路——从格丁尼亚港坐船撤往基尔港。
当时，德国可以使用的最大一艘船便是威廉·古斯特洛夫号邮轮。这艘豪华邮轮，是以威廉·古斯特洛夫(WilhelmGustloff)本人名字命名的。威廉·古斯特洛夫是纳粹瑞士分部的领导人，在1936年，被一名犹太学生暗杀。为了纪念自己的亲密战友，希特勒将这艘当时德国最豪华的邮轮命名为威廉·古斯特洛夫号，还在1937年5月5日亲自主持了这艘船的下水仪式。
这艘豪华邮轮原本是为德国工人提供休闲疗养而造。但随着争爆发，威廉·古斯特洛夫号被征做医院船，到了1940年，又被改为运兵船——负责U艇见习官兵的运输工作。
1945年的1月下旬，威廉·古斯特洛夫号接到了运送命令：运送一批U型潜艇的见习官兵、一批伤兵、一批武器装备、一批医护人员，以及顺带再捎走一批难民。
登上古斯特洛夫号的人数统计如下:173名船员(海军武装辅助队)、918名第二潜艇训练师的士官及士兵、373名海军女医护人员、162名伤兵，8956名难民(其中4424名有合法登记)，共10582人。
但是，船上的救生设备无法满足1万多人的需求，连救生艇加救生衣，大概可以装备一半的乘客。不过在那种情况下，有没有足够救生艇已经不重要了。
1945年1月30日中午12点30分，古斯特洛夫号拉响汽笛，驶出格丁尼亚港。护航的两条鱼雷艇其中一艘发生故障，最后，只有狮子号这一艘为她护航。
与平常不同，这次航行，一共有三名船长和一名拥有船长执照的大副，再加上U艇见习官兵的指挥官威尔汉姆少校，共5位长官。这五个人对航线选择持有不同的意见：A线路，是沿着海岸的浅海航行。优点是能避开苏联潜艇，缺点是水雷较多，航行速度将大大减；B线路，是被称为58号紧急航道的深海线路，优点是没有水雷，速度将大大加快，缺点是易遭苏联潜艇攻击。
最终，63岁的总船长弗德里希·彼德逊决定走B线路，以尽快到达基尔港。
1月30日晚上8点，为了避免与前方驶来的德国扫雷艇舰队相撞，彼德逊下令打开船上红绿两色的导航灯。一个小时后导航灯熄灭，古斯特洛夫号重新回归黑暗。然而这短短的一个小时，就已经注定了古斯特洛夫号的命运。
已经在波罗的海区域巡弋了20天的苏联潜艇S-13在导航灯亮起时就发现了古斯特洛夫号。经过两小时的全速追赶，S-13潜艇将目标纳入了鱼雷射程。之后，马连尼斯科下令潜艇绕到古斯特洛夫号靠近浅海一边的侧前方，这样不仅利于攻击，更能隔开狮子号鱼雷艇。抢占了攻击位置后，S-13潜艇随即发射了四枚鱼雷……
此时的古斯特洛夫号浑然不知死亡已经来临，乘客们正在收听希特勒上台12周年的广播。在广播里，元首依然在用铿锵有力的声音，鼓舞德国民众要排除万难，坚持到底，表示，胜利终归是属于德国人的。
就在这时，第一枚鱼雷击中了左舷的船头，随后第二枚击中船身中间的游泳池，第三枚击中尾部的发动机房。身处命中部位的乘客当即全部身亡，包括当时挤在被抽干的游泳池内的300多名德国海军女医护人员。
由于是一侧中雷，船体迅速倾斜。乘客们纷纷挤向上层甲板，争抢救生设备。船上的军队试图维护秩序：持枪的士兵列队保证女士和孩子先上救生艇，一些强行登上救生艇的男人被无情射杀。但是由于乘客远超设计容量加上事发突然，想组织起有序的弃船已经不可能了。再加上船体迅速左倾，导致右舷的一半救生设备无法使用，局面很快失控了。一位生还者后来回忆：他亲眼目睹一名军官在上艇无望的情况下，应妻子的要求射杀了他的妻子和女儿，在准备自杀时，却发现手枪没有子弹了，最后他拉着家人的尸体一起跳入大海……
中弹50分钟后，古斯特洛夫号沉入了45米深的海底。沉船后，就在一旁的狮子号和立即赶来的T-36号鱼雷艇救起了最多的乘客，但限于装载量，只分别救起了564人和472人。随后赶到的船并没有救起多少人——尽管有些赶来救援的船只花了短短几十分钟便赶到现场，但是当时的水温实在太低了，无力回天(当初救援泰坦尼克号时，最快的船花了4小时才赶到)。
1月的北大西洋水温在0度左右，那天夜里的气温更是低到了零下18度！笔者生长在哈尔滨，在零下18度的环境里，把手拿出大衣口袋，用不了2分钟就会感到刺痛，10分钟绝对可以把手冻僵。要是先沾了水那就更不用说了。而更让人痛心的是，很多儿童穿着成人救生衣，由于重心不稳，反倒是大头朝下扎入水中活活溺亡。
最后统计获救人数，一共救出了1252人。约9330人在这场海难中殒命——其中至少4000人是儿童。
与其他海难中，船长往往坚持到最后一刻，以至于来不及撤退而牺牲不同，彼德逊船长早早就登上了救生艇，船上另外的四名长官也全都生还。
海难发生后，德国政府严密封锁了消息，幸存者也被告诫不得对外泄漏情况。苏联方面一开始也对这场胜利保持低调。马连尼斯科虽然战绩显赫，却没有获得苏联英雄称号，只是获得了红旗勋章。
战后，德国人开始慢慢披露此事，社会舆论中对苏联这一行为开始有了谴责声音，认为这是对平民的屠杀。后来的调查表明，古斯特洛夫号上搭载了大量武器，以及军事人员，苏联潜艇的攻击是正常的战争行为，并不能算是对平民的屠杀。可是冤死的几千难民该谁对他们负责呢？
获得诺贝尔文学奖的德国作家君特·格拉斯曾以古斯特洛夫号作为历史背景写过一部小说《蟹行》他在2003年接受《纽约时报》时谈到自己写这部小说的一个动机，就是为了反对一些人将苏军击沉古斯特洛夫号视为战争罪行。对于战争带来的悲惨结果，谁发动战争，谁就应该为此负责。
值得一提的是，这次海难中有三个神奇的巧合：
第一，海难当天正是威廉·古斯特洛夫的50岁生日(如果他还活着的话)；
第二，海难当天也是纳粹元首希特勒执政的12周年纪念日；
第三，苏军潜艇所发射的四枚鱼雷上分别写有：为了祖国、 为了斯大林、 为了苏联人民、和为了列宁格勒，但只有为了斯大林这一枚鱼雷卡在发射管，其余全部命中目标。
